Las funciones del S.M.A., de acuerdo con las descritas en el Reglamento Orgánico y Funcionamiento de la Dirección  General  del  Territorio  Marítimo  y  de  Marina  Mercante N° 7-50/2, del 2021, Capítulo 1, Titulo 3, Artículo N° 80, las recomendaciones de la Organización Meteorológica Mundial, lo establecido por en el Capítulo V, Regla 5 Y 6 del convenio SOLAS, y lo dispuesto por la Ordenanza de la Armada para los Jefes de Departamento, serán las siguientes:

• Administrar el sistema meteorológico marítimo nacional coordinando el sostenimiento y mantención de la red estaciones de observación costera y medición de variables ambientales.
• Satisfacer los requerimientos de información meteorológica de la Institución y de los usuarios marítimos.
• Supervisar el desempeño de los Centros Meteorológicos, respecto de la emisión de pronósticos locales y de la ejecución de estudios de investigación.
• Mantener una permanente coordinación con la Dirección Meteorológica de Chile y otras instituciones afines, nacionales o extranjeras, relevantes sobre materias de meteorología marítima, climatología costera, oceanográfica operativa y glaciología.
• Integrar el Comité de Seguridad a la Navegación, Coordinación de Informaciones de seguridad Marítima (ISM), y los Grupos de Tarea del Comité Oceanográfico Nacional (CONA).
• Efectuar instrucción teórico práctica de meteorología, considerando entrenamiento y pasantías en cursos institucionales y/o extra-institucionales.

Para cumplir estas funciones, tendra la siguiente organización: